MALDI的原理是用激光照射樣品與基質(zhì)形成的共結(jié)晶薄膜，基質(zhì)從激光中吸收能量傳遞給生物分子，而電離過(guò)程中將質(zhì)子轉(zhuǎn)移到生物分子或從生物分子得到質(zhì)子，而使生物分子電離的過(guò)程。因此它是一種軟電離技術(shù)，適用于混合物及生物大分子的測(cè)定。TOF的原理是離子在電場(chǎng)作用下加速飛過(guò)飛行管道，根據(jù)到達(dá)檢測(cè)器的飛行時(shí)間不同而被檢測(cè)即測(cè)定離子的質(zhì)荷比（M/Z）與離子的飛行時(shí)間成正比 ，檢測(cè)離子。

質(zhì)譜（MS）通過(guò)分析分子離子的質(zhì)量電荷比（m/z）來(lái)鑒定和定量檢測(cè)分子。質(zhì)譜儀內(nèi)的質(zhì)譜可以解釋為測(cè)定一個(gè)樣本內(nèi)不同分子的特性。質(zhì)譜儀可以直接分析任何易電離的生物分子。

基質(zhì)輔助激光解吸/電離（MALDI）的優(yōu)勢(shì)在于其樣本與化學(xué)基質(zhì)混合產(chǎn)生離子，使得樣本分析前處理工作大大減少。基質(zhì)輔助激光解吸/電離飛行時(shí)間質(zhì)譜（MALDI-TOF MS）結(jié)合了兩個(gè)技術(shù)，包括基質(zhì)輔助激光解吸/電離（MALDI）離子源和飛行時(shí)間質(zhì)譜（TOF）?；诨|(zhì)輔助激光解吸/電離飛行時(shí)間質(zhì)譜（MALDI-TOF MS）的概念，質(zhì)譜完全改變了臨床微生物室中的微生物的鑒定方法，因?yàn)樗且粋€(gè)快速、高通量、低成本的以及高效的系統(tǒng)。

原理：將樣品分散在基質(zhì)分子中并形成晶體。當(dāng)用激光照射晶體時(shí)，基質(zhì)從激光中吸收能量，樣品解吸附，基質(zhì)-樣品之間發(fā)生電荷轉(zhuǎn)移使得樣品分子電離，電離的樣品在電場(chǎng)作用下飛過(guò)真空的飛行管，根據(jù)到達(dá)檢測(cè)器的飛行時(shí)間不同而被檢測(cè)，即通過(guò)離子的質(zhì)量電荷之比（M/Z）與離子的飛行時(shí)間成正比來(lái)分析離子，并測(cè)得樣品分子的分子量。例如，檢測(cè)DNA樣品時(shí)，DNA離子按其質(zhì)量大小先后通過(guò)檢測(cè)器，DNA片段越短，越早到達(dá)檢測(cè)器。

樣品種類一般為：蛋白質(zhì)、核酸、多肽、大分子等。依據(jù)測(cè)試結(jié)果分為：低分辨和高分辨，低分辨精確到小數(shù)點(diǎn)后1位，高分辨精確到小數(shù)點(diǎn)后4位。

測(cè)試模式：有線性模式和反射模式，線性模式適合大分子（如蛋白質(zhì)，核算，多聚物等），此模式分辨率和質(zhì)量準(zhǔn)確度低于反射模式，通常測(cè)得的為平均分子量。反射模式適合分子量＜5000Da的物質(zhì)，如多肽，寡糖等，該模式分辨率高，可準(zhǔn)確測(cè)得單同位素分子量。模式下面又分為：正離子和負(fù)離子模式，分子結(jié)構(gòu)不同，有的更容易帶正電，有的更容易帶負(fù)電，正離子看的是帶正電的離子，負(fù)離子看的是帶負(fù)電的離子。常規(guī)是正離子模式。